Olá.
Esta mensagem indica que há algum problema com o certificado utilizado na assinatura.
Para ser mais exato, precisaríamos entender qual a cidade e qual o tipo de certificado que está cadastrado para o CNPJ. Pode ocorrer do certificado ser emitido por uma certificadora que o Webservice da cidade não está prevendo em seu repositório de certificado, ou então podem ser até questões de caracteres especiais prejudicando a assinatura do XML.
Casos como estes, indico que acionem o nosso time de Consultoria Técnica, que irão capturar as informações necessárias para que esta questão possa ser resolvida.