Você está associando a posição (índice) de cada elemento das listas a um produto (posição 0 é referente ao produto 1001, posição 1 é referente ao produto 1324, posição 2 é referente ao produto 6548 e assim em diante). Seguindo essa lógica, você poderia preencher a variável lista_quantidade:
lista_quantidade = [0, 0, 0, 0, 0]
Dentro do if, no qual você verifica se o código do produto existe na lista_produtos, você pode procurar a posição do elemento que tem o código do produto:
indice = lista_produtos.index(produto)
Dessa forma, você vai saber qual é a posição que você deve alterar no lista_quantidade. Então, após receber a quantidade de produtos, você somaria com a quantidade que já está na posição da lista_quantidade:
lista_quantidade[indice] = quantidade + lista_quantidade[indice]
Depois era só você imprimir o nome do usuário e fazer um for de 0 a 4 (posições dos elementos), imprimindo o nome do produto (lista_produtos), a quantidade (lista_quantidade) e o preço total (multiplicando o preço unitário do lista_precos com a quantidade do lista_quantidade).
OBS: Da forma que expliquei, não seria necessário o uso da variável lista_produtos_cliente.